我的笼子只有不到一码高，四分
之三码长，半码多宽。
—安娜·诺贝尔，描述中国人关
押她的笼子。
斯坦顿的被捕让外国人十分沮丧。但是，当一位法国天主教遣使会传教士—让一加布里埃尔·普列伯勒神父遭到毒打并被处死的消息传开后，欧洲人惊恐万分。普列伯勒决心向中国人传播基督教，他进入湖北省境内传教，为此而触犯了中国法律。经他本人转化的一名教徒背叛了他，导致他在1839年9月被逮捕。经过一年的严刑拷打和审讯，这位虔诚的牧师1840年9月11日被公开处死。
普列伯勒是在武昌城外被处死的。中国人很可能对《圣经》
毫无兴趣或者毫不了解，但是这位牧师的殉难却是耶稣基督式的。普列伯勒是和其他几名普通犯人一起处决的。在绞死之前，他被绑在十字架上。根据法国传教士弗朗西斯·马雷斯卡的转述，在普列伯勒被处死之后发生了一件神奇的事：普列伯勒被绞死之后，其尸体留在十字架上，不但没有露出绞死之后的可怖表情，看上去就像还活着，只是睡着了，他的脸上露出安详幸福的表情。或者这就是狗道者为信仰而死后得到的满足，他们确信以这种方式告别人世，将立刻升入天堂。尸首被扒光了衣服，只留下缠腰布一—又一个类似耶稣受难的表征。普列伯勒下葬之前，虔诚的基督徒把缠腰布看成圣迹，进行膜拜，因此连最后的一件服饰也从尸首上剥了下来。
此时，中国其他地方的外国人也开始被害，但是其手段不像对待那位法国神父那样残暴。舟山的英国征服者成了瓮中之鳖，开始不断地因饥饿死去。村民拒绝向他们出售食物，并且把各自
的牲口藏了起来，以免遭征服者抢劫。绝望之中，一些士兵开始抢夺中国渔民每天的收获。或许因为接到了北京的命令，夏末的时候，舟山的居民都不见了，占领者占领的只是一座鬼城。
印度士兵只好吃舟山仓库中发霉的大米，但是英国人却对当地的食物嗤之以鼻，反而喜欢更差一些的东西，就是那些用他们船上存储的发酸了的长满虫子的面粉制作的面包。船上还有腌制的牛肉和猪肉，但是已经腐臭，即使是英国人的钢铁之胃也难以忍受。变质的肉在新加坡售出，被当成肥料使用。
占领者的饮用水也是一个噩梦，难以下咽，同时还引发疾病——水源在舟山的稻田里，已经被种地的人污染了，而且里面都是泥沙，非常混浊。担任翻译的汤姆在给马地臣的信中写到了水的问题和其他一些可能会扼杀这支部队难题：“即使是当地人都捂住鼻子（因为水发臭）。除非我们能够清理运河和城镇，否则我担心我们会得上传染病。而且空气非常潮湿，蚊子多得惊人。来这里的人一定要带上蚊帐，否则他们将会万分后悔。”1l舟山和新奥兰治在同一纬度，也有着同样潮湿闷热的天气。那些被传染上疾病的人并没有意识到蚊子会传播疟疾，现代医学认为，从腐败的蔬菜中散发出来的污浊的空气就是导致疾病的原因。痢疾暴发，因痢疾致死的人比疟疾、饥饿、污染的食物和水致死的人加起来还多。1840年8月，12名士兵死去，死亡人数在9月份翻了一番。10倍数目的人进了医院。9月中旬，1/3的士兵因生病而无法战斗。
尽管很危险，入侵者还是拼命寻找粮食，为此越来越深入内地。有两名搜寻者掉队后被一群暴民包围。其中一名被人用石头砸死，另一名则被带到了宁波的监狱接受审讯，然后被关进木笼游街，头上、脚上、脖子上都带上锁链，笼子太小，他的膝盖都挨到
了下巴。六天游街之后，这名犯人仍被关在笼子里，送进监狱，在那里他看见还有许多和他处境一样悲惨的人。
被俘最多的就是281吨位的双桅船“凯特号”，一艘由商船改成的战船。1840年9月15日，这艘船在一处沙滩搁浅。船长约翰·诺布尔5个月大的婴儿被关在甲板下面淹死了，而被困在船上的船长和他的妻子安娜及26名船员，都被中国人俘获。中国人立刻给他们系上铁链。这些可怜的人排成一列，冒着大雨被送到宁波的监狱。沿路的村民都嘲笑他们，一人还抢走了安娜手指上的结婚戒指。运送时，这些犯人都被关在木笼子里，后来诺布尔夫人在《中国丛报》一篇文章中描述了他们去往监狱的惊恐之旅：
“我的笼子只有不到一码高，四分之三码长，半码多宽。门开在顶上。我们就是被关在这种笼子里被抬走的，脖子上都锁着链子，系在笼子盖上。他们用一条长长的竹子从笼子中间穿过，一人执一端，我们就是这样从一个城市颠簸到另一个城市。我们忍受着暴徒的侮辱，他们发出的吼叫让人恶心。”1诺布尔夫人没有提到一点，就是村民们从笼子的木条中间伸进手来，扯俘虏们的头发，朝他们吐唾沫；两名还手的水兵被暴徒围住，从笼子里拖了出来，遭毒打致死。宁波监狱在舟山以东30英里的地方。他们被关进牢房后仍然被锁在笼子里。在囚禁期间，3人因为痢疾死去。笼子中的排泄物没人清理，发出难闻的臭气。狱卒们表现出明显的种族歧视。欧洲俘虏被允许在走出笼子的时候除去身上的链子，但是印度士兵在获得短暂释放的时候还得带着镶铸。一名英国囚犯推测，可能是因为印度士兵习惯直接用手吃米饭，这触怒了中国人，由此遭到最严厉的惩罚。现代历史学家则认为，中国人歧视印度人，是因为他们的肤色比欧洲人更黑。
当知道俘虏遭受虐待，尤其是其中还有一名妇女之后，义律
非常震惊。这位监督乘坐“亚特兰大号”前往宁波，交涉释放俘虏的事情。他被告知所有的囚犯可以立即释放——但英国人必须交出舟山。
尽管要义律放弃这个战略要地几乎没有任何可能，但是他并没有当即断然拒绝这个建议。中国人相信双方都有诚意，希望舟山能够交还，因此他们开始更加人道地对待囚犯。囚犯们被从监狱和笼子中放了出来，住进一座庙里。他们的口粮也增加，穿上了暖和的衣服，允许发信到舟山——以便得到食物和更多衣物。安娜·诺布尔和几名官员受到审讯，被问到关于部队行动的问题以及“凯特号”上鸦片和枪支的位置。（没有鸦片，但是中国人发现船的残骸中有两门加农炮。）一位审讯官询问怀有身孕的诺布尔是否参与了鸦片贸易。不知为什么，抓获她的人认定她就是维多利亚女王的姐妹，给她安排了一名仆人，卧室家具也和她高贵的出身相配。中国人对于等级制度的重视即使在监狱中都能体现出来。
船长彼得·安斯特鲁瑟也加入了囚犯的行列，他是印度军队的军官，1840年9月16日被中国农民抓住，正好是“凯特号”事故的第二天。那时他正巡视舟山。他的手脚都被绑在一枝长长的竹竿上，也被屈辱地运到了宁波，和“凯特号”船员关在一起。安斯特鲁瑟的幽默和勇气，以及他的肖像画天才，让中国官员非常着迷。这些中国高级官员都追着让“宫廷画家”画像，作为报酬，画一张给他一打猪肉饼。罗马字母看来也让中国人非常着迷，他们请求犯人们写一些字给他们。大多数英国人在监狱里都过得不错，但是几名水兵因在舟山险恶的稻田中感染了痢疾而死在宁波的监狱里。
虽然他们身处的环境好转了，但是中国人的威胁手段却使他们的心理状况日益恶化。有时英国人被告知两天后要被全部处
死，而且是让他们在漫长的折磨中慢慢死去，可期限到了，却没有处决他们。安斯特鲁瑟的狱卒告诉他，要把他的心肝切下来，用来祭奠死在英国枪口下的中国士兵。安斯特鲁瑟的勇气再次让中国人印象深刻，他根本没有把这些威胁当回事，或许因为他知道拿人作祭品并不是中国祭祀的方式。另一方面，宁波所在省份的浙江总督以残暴著称，他的各种各样的威胁都会付诸实施，对此英国人从来不敢不信。
在华英国人知道同胞遭到囚禁之后，非常愤怒，请求从海上进攻宁波，解救同胞。他们下令截获所遇到的任何中国战船。英国人和其他在华外国人对这种随心所欲对待俘虏的态度感到非常愤怒。1840年10月，义律在镇海会见了琦善，镇海就在囚禁英国人的城东北10英里。义律要求立即释放因犯，否则他就要终止在舟山开始的和平谈判。官员们对义律十分敬畏，但是什么也没有答应。义律注意到一个有趣的情况，他之前从来没有见过：中国官员随身带着骑兵，且骑兵的武器只有弓箭。在第二次会议上，琦善为囚禁行为辩护说，安斯特鲁瑟绘制了侦查地图，并指出其他俘虏都打伤了中国人。（这种殴斗确实发生过，犯人希望获得食物和水。）琦善和义律会面的时候达成了一个妥协，但是这些条款并不能让英国人永远满足。侵略者同意停止抓捕中国船只和封锁海港；囚犯还要呆在原地，但是他们的生活条件将会改善。作为一种诚心的标志，1840年12月10日，琦善拜访了身在监狱的文森特·斯坦顿。他发现斯坦顿沉浸在《圣经》中。琦善被这位神学学生的虔诚所打动，释放了他，并邀请他到自己的官邸做客，在回到义律身边之前小住几日。但是其他囚犯的命运仍悬而未决，随着紧张关系的加剧，更多部队从印度调来，同时带来了象征着敌对双方技术差异的新式武器。